生产、质量和安全有机食品生产的指导原则
有机食品联合会（OFF）的网站引用了以下指导原则：
有机产品没有有机认证注册机构颁发的有效证书禁止出售。
颁发的证书仅适用于证书上所列的产品。
必须记录所有购买的有机原料和生产的所有有机单位。
所有的有机成分必须由有机认证的供应商生产。
除规定允许非有机物，其它情况必须用有机物。
有机原材料和有机产品必须明确贴上标签，和非有机产品完全区分开。
有机复合食品的组成
除了控制有机食品的生产，有机标准也规定和控制了有机产品的组成。如在立法部分所提到的，允许有机产品含有一些非有机成分，但只能是条例IX附件中列出的那些非有机成分。如果想要用列表中不包含的非有机成分，就必须经过主管机关允许或否定，主管机关还必须声明有机替代物不能用的正当理由。
大约有45种允许使用的添加剂，大多数只能在特定条件下运用。 加工助剂也有类似的规定和限制。若没有经过基因改造，微生物制剂和酶也被允许使用。
所有的色素都被禁止使用，香料仅限于天然香料，目前允许使用的防腐剂也仅有处理肉类的硝酸盐和处理葡萄酒和苹果酒的亚硫酸盐。
生产中的质量与安全
良好的生产规范（Good Manufacturing Practice，GMP）在有机食品和非有机食品生产中同样重要。现在的食品安全条例同样适用于有机食品生产。至关重要的是，所有适当的食品安全程序都由食品科学家、食品工艺学家建立和监测，由制造商们参与并勤勉地执行，包括抽检来确保保存过程中不使用杀菌剂也没有霉菌毒素产生。
有机食品生产和处理过程中的关键要求是要有可追溯性。这对生产商说明食品生产和其加工的有机原料之间的积极关系是至关重要的。一些食品生产者致力于有机生产，但大多数不是这样的。在非专业的操作中，生产商必须使用操作程序来确保有机产品和非有机产品完全分开，这必须由足够的保存记录证明。经过彻底清洗后，虽然有一些生产商雇用清洁工干燥生产设备，但大多数厂家选择直接生产。
有机标准对卫生程序和害虫防治也有要求。经批准的食品清洁材料和消毒杀菌剂才能允许使用，但在有机生产前必须冲洗掉“未冲洗”的消毒水。有机标准也严格限制了在食品生产场所中使用的害虫抑制剂。要重点加强如良好的卫生习惯、室内整理和清理等预防措施。对付寄生的害虫应首选降温、加热和使用二氧化碳的方法。除非常特殊的情况外，禁止使用有机磷酸盐和氨基甲酸酯。除虫菊等天然害虫抑制剂可以在限制条件下使用，经批准的灭鼠饵不受限制。
微生物安全
农家肥（Farmyard manure，FYM）和其他动物粪便被广泛用于有机和非有机农业中。英国国家农业协会估计，英国每年所消耗的农家肥的总量中有8千万吨用于农业生产，还有1.2亿吨用于畜牧业。
无论是在有机农业还是非有机农业中，对于农家粪肥的使用引起了人们的担忧，担心农产品可能受到植物病原菌（特别是E.coliO157）污染以及土地和地表水可能被污染。英国皇家环境污染委员会 (The UK Royal Commission on Environmental Pollution ，RCP)在关于土地可持续利用的第十九报告（1996年）中，审核了农业有机物的利用，包括其安全性。
报告总结动物粪便中的病原菌对于人和动物的健康有着潜在的风险。而接下来的一个题为“关于农家肥在农田中的使用以及病原菌进入食物链的风险评估的研究”报告(Nicholson等，2000)，考察了与弯曲杆菌（Campylobacter）、大肠杆菌（E coli） 、沙门氏菌（Salmonella） 、李斯特菌（Listeria）、原生动物和病毒相关的风险，但是没有讨论形成孢子的病原菌，如产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）、肉毒杆菌（Clostridium botulinum） 、蜡样芽胞杆菌（Bacillus cereus）的报道。它继续讨论了粪肥的存储和使用对这些生物的生存造成的影响，以及各种农业系统包括有机管理的影响。报告总结说没有充足的信息让我们能够绝对地认定源于有机农场的病原菌风险同传统农业所带来的风险有显著的差异。
尽管非有机农业既用人工肥料也用农家粪肥，后者则普遍用于有机农业中。因此，这些担忧以及试图解决这些问题的措施，虽然适用于所有的农业，但是不可避免的会特别集中在有机农业上。
粪肥的处理、储存系统和应用应该符合1989年水资源法中第116章关于保护水资源的良好实践法律准则。对于经土地协会许可的所有生产者来说都必须遵守这些准则。然而，即便是一个三个月的并且达到60℃的堆肥管理系统也存在这样的疑问，即堆肥是否真正一直达到了这个温度；即使温度达到了，这个管理系统是否就是有效的呢？在60℃下几秒钟就可以杀死5-6个对数值的大部分营养细胞，所以如果温度达到60℃也应该是有效的。然而，对于确保粪肥堆肥微生物安全所需要的关键性的时间和温度这方面的知识，我们掌握地还不完善(Tauxe, 1997年)。混合也是一个问题，肥堆的外面部分总是冷的。连续的混合法（例如城市生活垃圾堆肥动态工艺堆肥器）能快速而均匀地加热。
即使堆肥在杀灭植物病原菌上是有效的， 但它不会破坏死孢子结构， 如产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）、肉毒杆菌（Clostridium botulinum） 、蜡样芽胞杆菌（Bacillus cereus），这些孢子结构体能够通过农作物传播到人类。也应该考虑到在堆肥过程中生存的病毒和原生动物的问题。Tauxe等在1997年总结说：“对于农业上的管理粪肥堆肥的现存方法和规章的有效性还需要评估。”
Nicholson在2000年发表的论文中提出了若干建议，以尽量减少动物粪肥用于粮食作物的一切潜在风险。一份国际食品科技学会（Institute of Food Technologists，IFT）的专家报告指出：“现有的科学信息不足以确定粪肥堆肥和土壤施肥处理中的食源性致病菌已被杀死”（ 国际食品科技学会，2002年）。
英国食品标准局（The UK FoodS tandards A gency ，FSA）已发布一份报告“食品安全的农场粪肥管理：指导种植者减少速食作物微生物污染的风险”（2009年）
http://www.food.gov.uk/multimedia/pdfs/manuresguidance.pdf
不管是生产有机食品还是非有机食品，用动物粪便作肥料，必须要有妥善的管理，即便如此，有机食品如果没有或烹饪不充分，也可能引发病原体污染和食物中毒的风险。特别是不经烹饪的有机或非有机的水果和蔬菜沙拉，食用前应彻底清洗干净。应指导公众这样做，以及在消费包装上也应张贴告示。
未来有机农业可能会减少对动物粪肥的依赖，如Elm Farm和Henry Doubleday这样的研究机构正在研究无家畜有机系统。在这个系统中，肥料是由豆类、绿色垃圾堆肥和绿肥作物产生。当土壤不耕种时，绿肥作物可以生长一个季节以上（往往在秋冬两季），然后把这些植物耕种到土壤中，用来提高土壤肥力。
然而，动物粪肥可能是一种农民能使用的重要资源。如果粪肥不在土地上使用，又该如何处置呢？特别是在发展中国家，这些粪肥将被视为一种资源，也包括人类粪肥。
尽管存在前述的担忧， 但在英国公共卫生实验室(Public Health Laboratory Service ，PHLS)2001年调查的3200份生吃的有机蔬菜样品中， 没有一份样品检测到沙门氏菌（Salmonella），李斯特菌（Listeria monocytogenes），弯曲杆菌（Campylobacter）或大肠杆菌O157 （E coli O157）。微生物指标也在可接受的水平。
另一方面，有报道称丹麦有机家禽（100%的感染率）的弯曲杆菌的感染率比传统家禽（36.7%的感染率）高 (Heuer等，2001)。集约化鸡场（圈养禽类）的生物安全有必要减少家禽的弯曲杆菌感染率。但对自由放养的有机鸡群来说，很难减少弯曲杆菌的感染率，因为它们所在的环境没有可控性。
农业化学残留物
虽然有机食品不能被定义为无农药或无除草剂的食品，但是直接利用“传统”农业化学品以外的化学物质是不允许的。所有的除草剂都禁止使用，一些杀虫剂成分在严格的限制（在使用前必须事先经认证机构许可）下才可以使用。
除了大多数农药在农作物种植中被禁止使用以外，常用于作物熏蒸和储存中使用的有机磷杀虫剂在有机农业中也被禁止。
一篇关于农药和除草剂对非有机食品和有机食品的污染的文献综述（Heaton，2002）讨论了农药和除草剂对非有机食品和有机食品的污染程度，并强调了化学残留物在洗涤过程中不能被去除，水果和蔬菜只有削皮后才能去掉部分化学残留物。土壤协会标准认识到了污染的可能性，还列举了用来防止或尽量减少这种污染的特殊措施。操作者也必将会报告任何实际存在或可疑的污染。执法机构正在开展对农药残留和转基因生物污染监控和检测工作，部分有机认证机构和大多数较大的食品企业都设有自己适当的采样和测试制度。
因此有机农作物可能比非有机农作物含有更低的农药和除草剂残留物，不存在那种在监测中罕见的农药残留超出法定限制的可能性。
兽药和饲料添加剂残留
兽药的使用在有机农业中被严格限制。全身寄生虫的驱虫剂（如阿维菌素）被禁止，除非要求在兽医的监督之下（这意味着食用这种药物的家畜失去了有机的地位）。驱虫药在需要时可以使用（例如基于粪寄生虫的使用）。临床需要时可以使用抗生素，但必须以两倍以上法定时间延长停药期。禁止食用任何药物/抗生素，色素（为获得好的蛋黄和鲑鱼的肉的颜色）禁止用于家禽和鱼类的饲料中。禁止使用任何预防性兽药。因此有机家禽体内的兽药和食用饲料添加剂残留物有可能比非有机家禽低。
本栏目为CIFST与IFST科普合作与交流栏目，资料来自“英国食品科学技术学会”
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